SEO的には全く問題ありません。
ドメインが分かれていれば、エックスサーバのアカウントがわからない限り、
同じ制作者とは判断できません。
（ただサーバのIPアドレスから、同じサーバに入っているサイトである事はスグニわかってしいます。）
逆に言うと、サーバのアカウントがわかってしまうとバレチャイマス。
（といっても人に対しての話しです。ロボットには恐らくわからないでしょう。）
特にCGI/PHPなどのエラーメッセージ内にサーバのアカウントが表示される
場合があるので、そこは注意が必要です。
まあ問題はないでしょうね。
大人向けのサイトを作るときは、レンタルサーバの規約・禁止事項を確認して下さい。
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